Родился 13 октября 1871 года в Вене в семье врача. После окончания медицинского факультета Венского университета работал ассистентом Психиатрической неврологической клиники Вены, специализировался по внутренним болезням. В 1903 году, прочитав работу З. Фрейда «Толкование сновидений», стал приверженцем психоаналитических идей и постоянным участником кружка З. Фрейда «Общество психологических сред». Федерн принимал активное участие в образовании Венского психоаналитического общества, в 1924 году был избран его Вице-президентом, а затем, в 1926 году стал соредактором «Международного журнала психоанализа». В 1936 году Пауль Федерн эмигрировал вначале в Швейцарию, а затем в США, где продолжал заниматься терапевтической практикой и развитием психоаналитических идей.

Федерн один из первых начал создавать концепцию Я-психологии. Он разрабатывал психоаналитический подход к лечению психозов, а также развивал идеи социальной психологии. Умер Пауль Федерн 4 мая 1950 года в Нью-Йорке.